Majitelem okolního kraje se po porážce stavovského povstání v roce 1620 stal Řád německých rytířů a již brzy poté byly objeveny léčebné účinky zdejších pramenů. V 18. stol. zde založil syn Marie Terezie Maxmilián II. František obec. Z počátku nebyla v místě možnost ubytování a pacienti museli bydlet v okolních vsích. Proto se Karlova Studánka původně jmenovala Hinnewieder (Tam a zase zpátky). V roce 1782 se začalo s budováním lázeňských domů, od roku 1803 pak má obec současný název.